Pada masa kolonial Belanda, rakyat sekitar menyebut pulau ini adalah Pulau Kapal karena sering sekali dikunjungi kapal-kapal Belanda sebelum menuju Batavia. Di dalam pulau ini terdapat banyak peninggalan arkeologi pada masa kolonial Belanda dan juga sebuah rumah yang masih utuh dan dijadikan Museum Pulau Onrust. Di pulau ini terdapat pula sebuah makam yang konon kabarnya makam dari pemimpin pemberontakan DI/TII yaitu Kartosoewirjo.
Pulau Onrust merupakan salah satu pulau di Kabupaten Kepulauan Seribu, Jakarta yang letaknya berdekatan dengan Pulau Bidadari. Nama 'Onrust' diambil dari bahasa Belanda yang artinya 'Tidak Pernah Beristirahat' atau dalam bahasa Inggrisnya 'Unrest'.
Sejak penjajahan bangsa Belanda di Indonesia, Pulau Onrust menjadi pulau yang sangat strategis sekaligus sangat sibuk. Onrust yang memiliki nama lain sebagai Pulau Kapal memang senantiasa sibuk disinggahi kapal-kapal VOC. Selain itu Pulau Onrust menjadi markas Belanda yang penting untuk menyerang daratan Jakarta.
Seiring berkurangnya pengarush Inggris di Hindia Belanda, pada tahun 1848, Belanda masuk kembali ke Pulau ini dan difungsikan sebagai Pangakalan Angkatan Laut. Namun pada tahun 1883, sarana prasarana yang telah dibangun oleh belanda kembali hancur berat akibat gelombang Tidal letusan gunung Krakatau.
Pada tahun 1911 - 1933, Pulau Onrust diubah fungsinya sebagai Karantiana Haji. Masyarakat Indonesia pada saat itu yang akan naika haji ke Mekah dikarantina terlebih dahulu di pulau ini baik ketika pergi maupun sepulangnya. Hal ini merupakan taktik dari Belanda untuk menekan pengaruh ulama-ulama pada masa itu. Belanda tahu bahwa pergoalakan/pemberontakan yang dilakukan oleh rakyat Indonesia pada saat itu karena dipengaruhi oleh besarnya kharismatik ulama dimata rakyatnya.
Pada awal masa kemerdekaan, Pulau Onrust dimanfaatkan sebagai rumah sakit Karantina bagi penderita penyakit menular dan penyakit kusta/lepra dibawah pengawasan Departemen Kesehatan hingga awal tahun 1960. Para penderita penyakit lepra saat ini ditampung di RS Sintahala Tangerang.
Selain itu pulau ini juga pernah dimanfaatkan sebagai penampungan gelandangan dan pengemis dan juga latihan militer. Tahun 1968 pulau Onrust dijarah habis-habisan sehingga banguan bersejarah lenyap menyisakan puing-puing saja.
Setelah peristiwa tersebut, pulau Onrust menjadi sepi tidak sesuai lagi dengan namanya. Walaupun sekarang pulau ini sepi, jejak-jejak kesibukasnnya masih bisa ditelusuri. Beberapa bangunan masih tersisa dan masih dimanfaatkan sebagai penginapan. Sisanya adalah bekas-bekas fondasi bangunan yang menyisakan kepiluan yang menyesakan. Untuk melestarikan peninggalan sejarah yang terdapat di pulau ini maka berdasarkan kekputusan Gubernur KDKI Jakarta No. Cb. 11/2/16/1972 Pulau Onrsut dinyatakan sebagai pulau bersejarah yang dilindungi. Kemudian melalui SK Gubernur DKI Jakarta 134 tahun 2002 taman Arkeologi Pulau Onrust ditetapkan sebagai UPT di lingkungan Dinas kebudayaan dan Permusiuman DKI.
